Primární karcinomy jater tvoří přibližně jen 10% případů, přičemž jsou úzce spojeny s jiným onemocněním tohoto orgánu. V podstatě se dá říci, že se jedná o jediný typ rakoviny, kde mají lékaři naprostý přehled o příčinách jejího vzniku. K bujení dochází výhradně u jedinců, u nichž je již diagnostikována hepatitida B nebo C, cukrovka, cirhóza jater či nějaké toxické zasažení jater. Tyto chronické obtíže zapříčiňují, že dojde k narušení buněčného procesu a pozměněné rakovinotvorné buňky se začnou hromadit.
Nejrozšířenějším typem nádoru je tzv. hepatocelulární karcinom. Ten se může šířit jako multinodulární, tedy vytváří kulovitá ložiska na pravém i levém laloku. Pokud jsou tyto ložiska velice malá a defakto nahrazují tkáň jater, mluvíme o difúzní formě. Nádor se však může projevovat i tvorbou masivního centrálního tumoru s několika malými metastázemi do okolí. Méně častý je cholangiogenní karcinom, jenž má základ v buňkách žlučovodů. Nádor se v počátečních fázích nikterak neprojevuje, až později se mohou objevovat zpočátku nespecifické příznaky jako je bolest v pravém podžebří, pocity plnosti, únava, ztráta hmotnosti až anorexie. Při větším postižení se dostavuje žloutenka, bolesti hlavy, zhoršení psychomotorických schopností či dokonce zmateností, za něž může pozměněné vnitřní prostředí narušením základních metabolických procesů.
Jedinou účinnou metodou léčby je v současnosti chirurgický zákrok, resekce jater. Pro to je však nutné stanovit diagnózu v časných stádiích onemocnění a i tak k ní v některých případech není přistoupeno. Při rozhodování postiženou tkáň odstranit zasahuje i celkový stav jater. Zvláště při cirhóze nemusí být resekce kvůli snížené funkci jater vůbec možná. Právě kvůli dalším onemocněním je tento způsob léčby vhodný jen pro 10 až 30 % pacientů. V některých případech lze přistoupit k transplantaci jater. U pacientů, u nichž není možná resekce, se nasazuje paliativní léčba. K ní se používá v případě menších nádorů etanol, který se injekčně vpraví do ohniska tumoru. S úspěchem se využívá i termické či laserové embolizace cév, čímž se uzavře přívod živin k nádoru a ten částečně odumírá. Samotná chemoterapie není příliš účinná, avšak v kombinaci s embolizací se zvyšuje její efekt.